鼬曾问卡卡西：“队长你说过，你的写轮眼是朋友托付给你的，那么朋友的意愿，是不是非回应不可？”卡卡西回答：“我个人认为是的。”鼬闭上了眼，他只能相信村子了。

他向木叶高层汇报了宇智波一族密谋政变的消息，寄希望于村子能和平解决，但三代火影没有对策，而团藏主张歼灭宇智波一族。他只给了鼬两个选择，要么站在家族一边参与反叛，要么站在村子一边，协助杀光宇智波族人。团藏向鼬提出交易，如果帮助村子，可以留他弟弟佐助一命。

在团藏看来，鼬只能答应，因为即使他帮助家族，也只会一起覆灭。但在宇智波低估木叶的同时，木叶同样也不知道富岳已经开了万花筒，如果鼬站在家族一边，便足以威胁到木叶，他的选择决定了这场冲突的走向。止水已死，佐助年纪太小，他没有可以商量的朋友，只能独自背负村子和家族的命运，稍有不慎，就会两败俱伤。

村子，家族，忍者他不断思考这三者的意义，最后看到佐助在学校中玩乐的身影，想起曾经历过的战争，他下定了决心。木叶村是初代火影将各家族连接起来的地方，在战乱中建立了来之不易的秩序，历代火影都是由深受村民认可的人担任，如果宇智波夺权，即便侥幸成功，其他家族也不会顺从。为了自己的弟弟，以及和他一般的孩子能继续享受和平，他必须选择村子。止水：“忍者是在黑暗中支撑和平的无名者”，他决定牺牲名誉、牺牲身份甚至牺牲亲情来支撑和平；止水：“保护好村子，还有宇智波的名号”，至少这样做，宇智波不会背负叛逆的污名，有佐助在，家族也有复兴的希望。

此时他又一次遇到了当年那个面具男，也就是带土。带土自称是晓组织的首领，要和他一起诛灭宇智波一族，并搜集一些写轮眼，鼬提出了条件：“不许对木叶村和佐助出手。”

夜晚，行动开始，鼬和带土联手，对宇智波一族展开了刺杀，而自己的父亲正是最棘手的目标。但富岳得知鼬的想法后释然了，将宇智波的未来托付给佐助或许是条行得通的道路，他不想与儿子为敌，主动选择了死亡。看到鼬无法对自己下手，富岳说：“和你相比，我们的痛苦只有一瞬，虽然想法不同，我们依然为你骄傲。”他所指的骄傲应该是鼬仍然为家族谋求了复兴的道路，最后鼬在痛哭中杀死了父母。

鼬背叛家族，杀害亲人，他做错了吗？宇智波被灭族必然是个错误，大家会很自然的将错误归结于执行者。但在看透事件的前因后果后，我们会发现真正错的不是鼬，而是木叶和宇智波，是他们让鼬别无选择。

有些观众觉得后来佐助向木叶复仇是失了智，但结合这段剧情，木叶高层正是逼他哥哥灭族的元凶，佐助会恨木叶是人之常情。

刺杀结束后，佐助放学回家，被这幅惨状吓得窒息。在看到哥哥后，他终于感到了安心，但鼬却说：“愚蠢的弟弟啊…”接着用幻术让他看到了屠杀的全程。巨大悲痛的刺激下，佐助开启了写轮眼，鼬却对他说：“现在的你还没有被杀的价值，等拥有和我一样的眼睛后，再到我面前来！”

鼬把自己深爱的弟弟远远的推开了，这是计划的最后一步：让佐助只恨自己，不恨木叶，让他不明真相的长大。等有朝一日佐助开启了万花筒，就将自己的眼睛给他，让他建立一个与从前的恩怨没有任何瓜葛的宇智波一族。

但这件事，鼬错了，他把自己的弟弟想得太软弱。他以为自己能背负所有责任，但对弟弟造成的伤害，他背负不了。佐助确实不明真相，但失去全部亲人的仇恨他又怎能放下？从那一夜起，佐助便走上了复仇的道路，无论对象是谁。

之后三代火影和团藏赶到宇智波家族，搜救幸存者并回收遗体，鼬悄然出现在团藏面前，给了他临别的警告：“如果你敢对佐助出手，我就把村子的机密全部泄露给敌国。”他要让团藏知道，佐助在他心中比村子更重要。接着他密会了三代火影，三代问他：“今后木叶将视你为叛忍，列入S级通缉，你有什么打算？”鼬回答：“行动中我和晓的首领做了交易，那人答应过不会对木叶出手。我会加入晓，确保他信守承诺。”但他其实已经无处可去了。

?

在带土的引导下，鼬来到了晓的据点，他狠下心在护额上划了一刀，彻底告别了木叶忍者的身份，成为了代号“朱雀”的晓组织成员。世界上知道真相的人，只有带土和木叶的四位高层。

鼬在晓组织的生活比他在木叶时轻松很多，他的几任搭档，一位是曾舍命保护自己的枇杷十藏，一位是老相识大蛇丸，一位是打从心里敬重他的干柿鬼鲛。晓的成员们也都很有趣，不过偶尔还是会有摩擦，比如和大蛇丸搭档时，大蛇丸曾想夺取他的写轮眼，却败于他的幻术；初遇迪达拉时，他的幻术又让小迪差点自爆。但总的来说，晓组织还是个和谐有害的大家庭。不过鼬毕竟是木叶的卧底，所以他并未帮晓做些什么，在与鬼鲛捕捉四尾人柱力时，他都是让鬼鲛单挑的。

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